โครงสร้างโมเลกุลของไฮดรอกซีโพรพิลแกมมาไซโคลเดกซ์ทริน (HP- -CD)เป็นโอลิโกแซกคาไรด์แบบวงแหวน ประกอบด้วยโมเลกุลกลูโคส 8 โมเลกุลที่เรียงตัวเป็นโครงสร้างวงแหวนโดยอาศัยปฏิกิริยาเคมีเฉพาะ ใน HP- -CD อะตอมไฮโดรเจนบางส่วนของโมเลกุลกลูโคสจะถูกแทนที่ด้วยกลุ่มไฮดรอกซีโพรพิล ส่งผลให้เกิดโครงสร้างวงแหวนที่ถูกไฮดรอกซีโพรพิลเลต
โครงสร้างโมเลกุลของ HP- -CD มีโครงสร้างโพรงที่ไม่เหมือนใคร โพรงนี้เกิดจากอะตอมออกซิเจนภายในโครงสร้างวงแหวนและแสดงคุณสมบัติชอบน้ำ ในทางตรงกันข้าม ส่วนภายนอกของโครงสร้างวงแหวนเป็นส่วนที่ไม่ชอบน้ำเนื่องจากมีการแทนที่ไฮดรอกซีโพรพิล โครงสร้างนี้ทำให้ HP- -CD มีคุณสมบัติเป็นแอมฟิฟิลิก โดยมีคุณสมบัติทั้งชอบน้ำและไม่ชอบน้ำ
กลไกการรวมตัวของ HP- -CD ขึ้นอยู่กับการสร้างเชิงซ้อนของโมเลกุล เนื่องจากโพรงใน HP- -CD มีลักษณะชอบน้ำ จึงอาจเกิดพันธะไฮโดรเจนหรือปฏิสัมพันธ์อื่นๆ กับโมเลกุลหรือกลุ่มฟังก์ชันบางชนิดในสารประกอบอื่น ปฏิสัมพันธ์เหล่านี้อาจนำไปสู่การรวมตัวของสารประกอบอื่นบางส่วนหรือทั้งหมดภายในโพรงของ HP- -CD
กระบวนการรวมเป็นแบบไดนามิกและอาจได้รับอิทธิพลจากสภาพแวดล้อม ปัจจัยต่างๆ เช่น อุณหภูมิ คุณสมบัติของตัวทำละลาย ค่า pH ฯลฯ อาจส่งผลกระทบต่อกระบวนการรวม HP- -CD แสดงให้เห็นถึงความสามารถในการรวมที่แข็งแกร่งและสามารถสร้างสารเชิงซ้อนกับสารประกอบต่างๆ รวมถึงยา สารเติมแต่งอาหาร น้ำหอม สีย้อม ฯลฯ
